NGSPipes
In NGSPipes werden in Kooperation mit dem Robert-Koch-Institut Pipelines für die Analyse von Genomsequenzierungsdaten entwickelt. Die automatisierte Analyse basiert dabei auf Ansätzen des maschinellen Lernens.
Titel des Projektes:
Kooperative Forschung mit dem RKI: Entwicklung von Pipelines für die Analyse von Next Generation Sequencing Daten (NGSPipes)
Ansprechpartner:
Prof. Dr.-Ing. Piotr Wojciech Dabrowski (Piotr.Dabrowski@HTW-Berlin.de)
Projektziel ist die Entwicklung von Auswerte-Pipelines zur automatisierten Analyse von Hochdurchsatzdaten. Dadurch soll ein schnellerer Transfer aktueller wissenschaftlicher Erkenntnisse in die praktische Anwendung erfolgen. Diese Pipelines sollen zur Effizienzsteigerung bei der Auswertung wissenschaftlicher Projekte dienen als auch die Reproduzierbarkeit und Vergleichbarkeit erhaltener Ergebnisse sichern. Zudem werden wertvolle Erkenntnisse bezüglich des effizienten und hochqualitativen Wissenschaftstransfers in der Bioinformatik gewonnen und der wissenschaftlichen Community zur Verfügung gestellt werden. In einer Kooperation mit der HTW wird die dort vorhandene hohe Fachkompetenz im Bereich der Softwareentwicklung mit einer umfangreichen Erfahrung in der automatisierten Analyse von Hochdurchsatzdaten im BI-Support am RKI verknüpft. Die entstehenden Pipelines werden unter einer open source-Lizenz zur Nachnutzung durch die gesamte wissenschaftliche Community bereitgestellt.
